La fortaleza fue tomada en 1090 por ismailíes dirigidos por el mítico Hasan al-Sabbah, el Viejo de la Montaña. Tras un conflicto con el centro de poder ismailí, el califato fatimí de El Cairo, los ismailíes de Irán se escinden y serán llamados desde entonces nizaríes. Sus enemigos los llamarán despectivamente hashashin, "consumidores de hachís", palabra que ha pasado al castellano como asesino, y ello porque desde Alamut y otras fortificaciones los nizaríes se destacaron por la práctica del homicidio político, hasta el punto de que a pesar de su escaso número aterrorizaron durante siglos a los gobernantes de Irán y Siria.

Alamut fue un nodo de la compacta red de fortalezas nizaríes, que por su inexpugnabilidad conformaron un auténtico Estado descentralizado e independiente dentro de un territorio fundamentalmente sunní.

En 1256, sin embargo, las tropas mongolas marchan sobre Irán dirigidas por Hülegü Jan, y las precede su fama de invencibilidad y crueldad. Alamut se rindió sin presentar combate y fue arrasada hasta los cimientos por el ejército invasor para impedir su uso por otros posibles oponentes.

Marco Polo afirmó haber visitado Alamut, lo que es poco probable ya que en la fecha que indica, la fortaleza había dejado de existir hacía varias décadas. El viajero veneciano introdujo en Europa la leyenda que ha dado fama a Alamut: la de que poseía unos jardines ocultos que imitaban el paraíso. Para fanatizar a los futuros asesinos de la secta, se les drogaba con hachís y se les hacía despertar en el jardín, donde gozaban del paraíso durante unas horas. Cuando volvían a despertar estaban en el castillo y se les decía que sólo volverían al escenario idílico y feliz que habían tenido ocasión de ver si morían en combate contra el enemigo. Esto explicaría la fiereza y el arrojo de los nizaríes en sus acciones terroristas, aún sabiendo que lo más probable es que no salieran vivos de ellas. Esta leyenda no está apoyada por ninguna evidencia histórica.

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